Noční linka 509 v dnešní trase zajišťuje noční obslužnost zejména Žižkova, Malešic, sídliště Skalka, Dolních Měcholup a Dubče, které spojuje s významným přestupním bodem nočních linek Masarykovo nádraží, po kterém pokračuje ještě dvě zastávky na konečnou Florenc.

Linka	Trasa	Interval
		CT noc
509	FLORENC - Tachovské náměstí - Biskupcova - Basilejské náměstí - Malešická - Hostýnská - Sídliště Malešice - Michelangelova - Myšlínská - Radiová - Dolní Měcholupy - DUBEČ	60

Samotné číslo 509 má ale poměrně dlouhou a zajímavou historii, zahrnující mnohem větší území než to, co obsluhuje dnes. 20. dubna 1970 vyjíždí nová noční autobusová linka 257, spojující právě vznikající sídliště na Proseku s noční tramvají na Vychovatelně. Hned následující rok ale linka prošla změnou, nejprve byla přečíslována na 357 a ke konci roku byla její trasa prodloužena z Proseka přes Letňany až k nádraží Čakovice.

Vůz 7403 na jinak zcela pustém obratišti Chodov // březen 2010

Linka 357 dostála ještě jedné drobnější korekce trasy, v roce 1973 začala zajíždět k nově vzniklým garážím Klíčov. K 9. květnu 1974 došlo obecně v celé síti pražské městské hromadné dopravy k většímu množství systémových změn, jednou z nich bylo i přečíslování nočních autobusových linek z původního systému (číslo denní linky, nejpodobnější té noční + 200) do nové číselné řady 500 a výše. To pro linku 357 znamená, že se nově jmenuje 509. Po přečíslování, až na jednu drobnou změnu trasy, roku 1980 byla v souvislosti s výstavbou mimoúrovňové křižovatky na Vychovatelně zkrácena o jednu zastávku na Bulovku, vcelku stabilně jezdila až do roku 1990.

Výjimečně lze na lince 509 potkat i kloubové vozy, jako zde na Florenci 6348 // prosinec 2008

V roce 1990 proběhla celoplošná reorganizace denních i tramvajových nočních linek, linka 509 byla při této příležitosti prodloužena z Bulovky přes Holešovice, Vltavskou a Bílou Labuť až k Masarykovu nádraží, čímž přestala být pouhým napaječem tramvajových nočních linek a sama se dostala až do centra. Nová trasa zůstala zachována i po termínu další celoplošné reorganizace nočních linek (rok 2001), kdy byla trasa upravena jen mírně - v centru vyměnila konečnou Masarykovo nádraží za Florenc, zatímco na svém druhém konci byla prodloužena od Nádraží Čakovice přímo na konečnou Čakovice.

Vůz 4127 je na nočních pořadích vidět velmi často, zde na Masarykově nádraží // prosinec 2009

Následující rok 2002 ale prošla poněkud výraznou změnou - zatímco na svém severním konci zůstala ve stejné trase, z centra byla prodloužena směrem na jih, a to o značný kus cesty - z Masarykova nádraží přes I.P.Pavlova, Pankrác, Budějovickou, Kačerov, Novodvorskou a Polikliniku Modřany na konečnou Na Beránku, kde nahradila linku 504. Poněkud nevhodným se ale ukázal 60 minutový interval, jenž linka získala v roce 2001, který sice mohl stačit v Čakovicích a Letňanech, nicméně směrem Na Beránku občas docházelo ke značnému přetěžování spojů.

Jedna z vršovických nočních stálic, 7354, v zastávce Sídliště Malešice // leden 2010

Po další kompletní reorganizaci nočního linkového vedení v září 2008 linka 509 opustila jak oblasti Čakovic, Letňan či Proseka, tak i jižních sídlišť jako Lhotka a Modřany, a dostala se do trasy podobné té dnešní, Florenc - Sídliště Malešice - Skalka - Přeštická - Chodov. Stala se tak kupříkladu první linkou, která zajišťovala noční obsluhu sídliště Košík, Zahradního města nebo Počernické ulice.

Karosa B 931 E č. 7485 v nynější konečné, Dubeč // červen 2011

Ani v této podobě nezůstala příliš dlouho, k prosinci 2010 je z Malešic odkloněna přes hostivařskou průmyslovou zónu (Myšlínská, Kablo) a Dolní Měcholupy do Dubče. Zatímco Dolními Měcholupy do této změny projížděla linka 506, do Dubče nikdy dříve nebylo žádné noční spojení vedeno a linka 509 ho sem zcela nově zavedla.

Konečná zastávka Florenc se nachází přímo v zastávce denních invalidních linek // březen 2010

Zatímco "počáteční" úsek trasy mezi Florencí a zastávkou Michelangelova (sídliště Skalka a nonstop Tesco) je poměrně slušně vytížen, další pokračování do Dubče si své stálé cestující pořád hledá a výjimkou v této části trasy nejsou ani jízdy naprázdno. Linka 509 je celotýdenně provozována v pravidelném šedesátiminutovém intervalu a jsou na ni nasazovány dva standardní autobusy, v současnosti oba z Vršovic, přičemž pořadí 51. v den předcházející nočnímu provozu jezdí na linkách 155 a 188, pořadí 52. na linkách 111 a 224.