Provoz na lince 163 byl zahájen v roce 1969 v trase Černokostelecká – Štěrboholy. V roce 1980 byla prodloužena k nové konečné stanici trasy metra A Želivského, kterou rokem 1990 vyměnila za bližší Skalku. V první polovině 90. let byla ještě prodloužena ze Štěrbohol přes Dolní Počernice do nynější konečné ve starách Dolních Počernicích, nazvané Bezděkovská. Od září 2003 je také linka vedena přes zastávku Obchodní centrum Štěrboholy.

S prodloužením linky metra A v květnu 2006 byla linka zkrácena ze Skalky na novou konečnou trasy do terminálu Depo Hostivař. Další změnou jest odklonění linky na sídliště Rohožník – v prosinci 2010 opustila úsek do Bezděkovské a nahradila ho dlouhou jízdou po Českobrodské ulici přes Běchovice a Újezd nad Lesy až do obratiště Sídliště Rohožník. Poslední trvalá změna spadá do souboru změn při vytváření nové "metropolitní" sítě, dne 1. září 2012 se opět z Depa Hostivař přes Malešice vrátila zpět na konečnou Želivského.

Poměrně zajímavé období provozu této linky probíhalo od února do dubna 2009. V této době byl zrušen provoz linky EUR k obchodnímu centru ve Štěrboholech, a jako náhrada byla o vložené spoje k Europarku posílena linka 163, a to do souhrnného intervalu 10 minut ve špičkách pracovních dnů a 15 minut o víkendu. Začátkem května ale byly vložené spoje z linky převedeny na novou samostatnou linku 263, provozovanou dopravcem Stenbus.